La Procuraduría General de la Nación le solicitó a la Superintendencia Nacional de Salud intervenir a Coomeva para garantizar derechos de cerca de 2 millones de usuarios del sistema. El ente de control advirtió que la EPS tiene una deuda de $2.2 billones, por lo que algunas IPS no prestan los servicios de salud a la población afiliada, lo que ha causado que se realicen pagos anticipados, con tarifas plenas superiores a las pactadas en los acuerdos contractuales, para poder cumplirles a los usuarios.
De acuerdo con la información de la procuraduría Coomeva EPS ha tenido un aumento en las quejas por presuntas irregularidades en la prestación de servicios. En los primeros 7 meses de 2019 se han registrado 42.702 PQRD (un promedio de 6.100 por mes). Para 2018 esa cifra fue de 60.824, lo que significa que en promedio al mes fueron 5.068. Entre enero y junio de 2019 la cuantía de los procesos jurídicos contra la EPS asciende a $6.007.783.896. En el mismo periodo ha sido notificada de 17.435 acciones de tutelas, y entre enero y mayo, de 287 desacatos.
